这张图是2015年Science期刊上的一幅 Mantel test 和相关性热图的组合图，各大论坛上都有用 R 语言进行制作的教程。今天，我将向大家展示如何不使用 R 语言，快速在线制作出这样的高水准图片。参考文献：Structure and function of the global ocean microbiome (Fig. 5B)。 Q1：什么是 Mantel test？ Mantel test 是一种分析两个矩阵相关关系的检验方法，常用于生态学领域，检验群落距离矩阵（如 Bray-Curtis 距离矩阵）和环境变量距离矩阵（如 pH, 温度或者地理位置的差异矩阵）之间的相关性（Spearman 系数）。Mantel test 的相关性系数越大，p 值越小，则说明环境因子对微生物群落的影响越大。同时，Mantel test 的偏分析（partial Mantel test 等）可以排除环境因子之间自相关的干扰。 Q2：如何在线制作一个 Mantel test 和热图的组合图？ 我开发了一个在线作图小网站——云图图（cloudtutu.com，免费的哦~），操作步骤如下： ① 登录网址：cloudtutu.com（推荐使用 360 或者谷歌浏览器） ② 输入用户名和密码（我已经为大家填好了，如果不显示可添加文末二维码添加我获取），输入验证码后即可登录； ③ 登录后在工具一栏（高级分析）里找到 Mantel test 分析，点击进入； ④ 请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作，即可在 2 分钟内获得一张精美的 Mantel 分析图。 Step 1 上传文件 ※ 目前平台仅支持.txt（制表符分隔）文本文件或者.csv 文件的文件上传。平台可对不规范的数据格式进行部分处理，但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据，以便机器可以识别。 本分析需要上传两个文件，文件格式比较复杂，请各位客官耐心调整。（如有疑问，请添加文末我微信咨询） 1.1 数据文件整理：将多个数据矩阵合并为一个数据矩阵，使得第一列为样品名称，第一行为元素名称，如：微生物OTU表+基因表达量矩阵+抗生素抗性基因丰度，操作流程如下： 注意：※需要对数据文件中数据进行分组，每个分组对应图中热图外的一个元素，可以在绘图区的下方对分组信息进行在线编辑，也可点击“输入分组”手动粘贴分组信息，如图：第一列为因子名称，第二列为因子分类，如下图。 1.2 环境因子文件： a) 与组内相关性热图数据矩阵相似，数据形式参照示例数据或者下图，环境因子文件上传后系统根据样品名自动进行分组。 b）表格需要带表头和列名，每一列为样本名，每一行为各种指标数据名，例如OTU，基因ID、身高、代谢物名称等。 c）请提交.txt（制表符分隔）文本文件或者.csv 文件。操作方法为：全选 excel 中的所有内容（ctrl+A），复制到记事本中，将记事本文件另存后上传该文件。 Step 2 设置参数 2.1 热图颜色：用来调整相关性热图的配色； 2.2 相关性线颜色：用来调整相关性连线的颜色； 2.3 填充形状 a)圆形：圆形面积大小代表相关性大小； b)椭圆：椭圆面积大小代表相关性大小，椭圆的不同方向表示正相关或负相关； c)矩形：矩形面积大小代表相关性大小 d)星形：星形的大小代表相关的高低 Step 3 下载文件 根据个人需求进行参数调整后点击运行，平台提供 PDF 格式的矢量图下载，以下是小编自行绘制的几个图，是不是还不错~ Step 4 作图后处理 TUTU 云平台提供的是 PDF 格式的矢量图，可通过矢量图处理软件（Inkscape 或 AI）进行编辑和调整（如：文字字体，文字大小，图片分辨率等）。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加微信获取。 Step 5 写作建议 Pairwise comparisons of environmental factors are shown, with a color gradient denoting Spearman’s correlation coefficients. Taxonomic [based on two independent methods: mitags (12) and mOTUs (13)] and functional (based on biochemical KEGG modules) community composition was related to each environmental factor by partial (geographic distance– corrected) Mantel tests. Edge width corresponds to the Mantel’s r statistic for the corresponding distance correlations, and edge color denotes the statistical significance based on 9,999 permutations. (参考文献：Structure and function of the global ocean microbiome, DOI:10.1126/science.1261359) 尊敬的用户，如果图图云平台在您的科研中有幸提供了些许帮助，我们期望您能在方法学或者致谢中提及我们，引用方法如下：XXXX analysis was performed on Tutools platform (cloudtutu.com), a free online data analysis website. 目前平台还处于测试阶段，使用过程中有任何疑问或者报错欢迎随时联系我反馈。您的反馈和建议是我们最大的动力~